O IPAE vem promovendo pesquisas envolvendo aspectos importantes para a educação.
Além das pesquisas científicas há um sistema inovador de atendimento às instituições educacionais em coleta de informações específicas voltadas para focos de interesse das entidades mantenedoras, escolas mantidas e outras organizações.
Dentre elas citamos: Pesquisa do nível de satisfação dos alunos (e/ou sua família); Pesquisa sobre a imagem da instituição junto à comunidade; Pesquisa sobre a qualidade da educação e Pesquisa sobre os sistemas de atendimento a clientes.
Há também linhas de pesquisas científicas sendo realizadas pelo Instituto. São elas distribuídas nas seguintes áreas: Direito Educacional, com estudos próprios sobre a Legislação educacional brasileira e o Direitos e deveres na educação; Aprendizagem a Distância, com aprofundamento em Educação a distância no Brasil e sobre as TICs e sua influência na educação.
Existem ainda as pesquisas no campo da Administração da Educação que aprofundam estudos sobre a educação nos municípios brasileiros e a Violência na Educação.
Por fim as multiciplinares que se concentram nos programas de Memória da educação brasileira, Periódicos educacionais brasileiros e A educação na imprensa brasileira.